Cùng lúc đó , Conan và Haibara phát hiện xe của tên Gin và liều mình vào xe đó lần nữa nhưng không hề biết đội thám tử nhí theo dõi mình. Đội thám tử nhí chui vào nấp xe của tên Gin , conan và haibara không hề cảnh giác và đã không biết được điều này. Conan và Haibara ra khỏi xe vì tìm được một manh mối mới và đi tới nhà ông tiến sĩ agasa.
Lúc này đội thám tử nhí vẫn trên xe vì bị kẹt không ra khỏi nấp xe được. Tên Gin chạy xe đi về vì đã tìm được gì đó ở đây.1 bí mật luôn được cất giấu …
Conan biết được sự thật Subaru là Shuichi Akai cũng như Shuichi biết được conan chính là Shinichi và cả hai hoàn toàn biết được sự thật này ,nên conan quyết định cùng ông agasa qua nhà Kudo nói về chuyện Tổ Chức áo đen cùng Akai.
Haibara biết được Subaru là người yêu của chị mình và là người mình từng tung hứng vào Tổ Chức áo đen nên không qua cùng mà ở nhà ông Agasa. Và Vermouth luôn theo dõi tình hình ở nhà ông tiến sĩ và quyết định trả mối thù của cô và haibara lần cuối cùng ,nên đã lên thẳng nhà và bắt Haibara đi.
Haibara thắc mắc tại sao Vermouth cứ phải diệt tận mình thì Vermouth cũng cho biết thân phận mình trước khi tiễn Haibara đến thiên đường. Vermouth đã tiết lộ mình là Sharon vineyard , người được thử nghiệm mẫu thuốc “trường sinh bất lão” mà ba mẹ của Ai Haibara đã ch. Haibara cũng biết được công dụng của thuốc này trong cuốn băng mà mẹ cô để lại.
Theo như Vermouth nói thì cô bị teo nhỏ lại thành thiếu nữ khi uống loại thuốc đó , cô con gái ngoan ngoãn của cô phát hiện được điều này và biết mẹ mình tham gia tổ chức tội ác , tổ chức ra lệnh cho Sharon bịt đầu mối con mình.Nhớ đến viên thuốc bất lão , Sharon cho con mình uống nhưng rốt cuộc thuốc chưa hoàn thiện đã khiến Chris teo nhỏ và chết luôn. Sau đó Sharon đi hỏi ba mẹ Haibara thì được biết thuốc chưa hoàn thiện.Từ đó , Sharon đóng thế con của mình , trong đám tang của mình mà cỗ quan tài là con mình Sharon dẫn tổ chức áo đen tiễn con mình lần cuối.
Haibara biết được mối hận này của Vermouth liền cảm thông cho bà ta và thấy mình hoàn toàn đáng bị chết khi tiếp tục nghiên cứu loại thuốc này. Conan cùng akai , ông tiến sĩ về nhà thì phát hiện Haibara bị mất tích , Haibara kịp thời để lại dấu tích nên conan và akai thừa biết Vermouth đã bắt cóc Haibara đi.
Những thám tử nhí lúc này dùng huy hiệu gọi cho Conan và Haibara nhưng Conan đã để nó ở nhà Ran.
Haibara nghe được tín hiệu từ chiếc huy hiệu của bọn nhóc, chúng nói về việc nghe được bí mật của Haibara và Conan và đang trên chiếc xe màu đen mà Hai và Conan lén đi lên. Vermouth liền đoán ra xe của Gin.
Chiếc huy hiệu trong túi quần của conan mà Ran đang định đi giặt đã nói ra bí mật của Conan , Ran đoán già đoán non về Conan-Shinichi.
Conan cùng Akai đi tìm Haibara , Ran chạy lại nhà ông Agasa . Ran gặng hỏi ,Ông Agasa không giấu được bí mật nữa nên cũng nói ra sự thật và cùng Ran đi tìm Conan. Thấy Ran và ông Agasa , Sonoko và Sera cũng chạy theo . Ran nói ra sự thật về Conan cho Sonoko và Sera biết.
Haibara biết bọn nhóc đang gặp nguy hiểm nên nhờ Vermouth giúp lần cuối trước khi chết , bà ta chấp thuận.
Rada trên kiến của Conan thay đổi chiều đi , đi lùi về chỗ Conan và Akai.Conan và Akai chờ sẵn và bí mật theo dõi.
Bourbon lúc này đến văn phòng thám tử Mori thì ông Mori nhận tin là KID sẽ xuất hiện.Bourbon và ông Mori nhận vụ làm ăn mới.
Nhóm Ran không tìm được Conan nên thông báo cho Takagi và Sato. Lực lượng cảnh sát khuấy động tìm Conan.
Thấy tin về Conan KID bỏ lần ăn trộm lần này để dõi theo tình hình của Conan. Nghe tin KID bỏ món đồ hôm nay và nghe được tin Conan “mất tích” ông Mori và Bourbon liền tìm đến chỗ Ran.
Xe của tên Gin đã vào động của tổ chức áo đen.Biết có nguy hiểm bọn nhóc liền chui vào 2 bao tải chứa thuốc.Bọn áo đen mở cốp xe lấy 1 bao nhưng không có bọn nhóc. Bọn áo đen đi lên trên tầng lầu thì bọn nhóc đi ra.Liền thông báo với Haibara , bà Vermouth dặn Haibara nói với bọn nhóc là cứ nấp ở đấy. Bọn nhóc tò mò đi lên tầng lầu. Vermouth cùng Haibara đến được nơi tổ chức áo đen. Conan và Akai cũng đến sát được Haibara và Vermouth.
Nhớ đến cặp kính dự phòng , ông tiến sĩ Agasa cùng nhóm Ran trở về nhà ông Agasa và tìm được dầu vết của Conan. Conan lúc này đi vào nơi bọn tổ chức áo đen còn Akai thông tin cho FBI biết về nơi bọn tổ chức áo đen ẩn nấp. Bourbon phát hiện trên rada nơi Conan ở là nơi ẩn náu của tổ chức nên liền thông báo cho đồng bọn.
Haibara và Vermouth liên lạc được với bọn nhóc thì chúng đi thang mấy lên tầng thượng , Hai và Verm đi lên tầng thượng. Conan đi theo sát Haibara.
Rena nghe tin tổ chức bị phát hiện và đồng bọn tổ chức áo đen nói cho Rena biết về nơi tổ chức ẩn náu , Rena liền thông tin CIA. Lúc này chỗ ẩn náu đã bị bao vây bởi cảnh sát Tokyo. Bọn áo đen liền thông báo có con tin là 3 đứa con nít 6 tuổi , và không cho ai vào. Vermouth lúc này không để ý , Haibara lo cho bọn nhóc nên đã trốn đi.
Conan liền xuất hiện vì biết Haibara trốn thoát , Conan cũng biết nhiều chuyện về Vermouth khi bà ta nói với conan.
Mẹ của Conan liền xuất hiện , thì ra bà đã theo dõi Vermouth từ lúc bắt cóc Haibara. Ông Kudo trong bộ mặt hóa trang của 1 tên áo đen cũng xuất hiện , biết KID cũng ở đây.Và biết KID là đứa con của người mà mình nhận làm con nuôi. Thì ra cha của KID là con nuôi của ông KUDO và là cháu nuôi của Shinichi. Lúc này phía tổ chức FBI và CIA cũng tham gia. Bọn áo đen từ trong bắn tỉa ra ngoài khiến nhiều người bị thương và chết.Ông Mori bị trúng đạn , bị thương rất nặng.
Nghe tin ông Mori bị trúng đạn , mẹ của Ran cũng đến và chăm sóc cho ông Mori. Ran liều lĩnh âm thâm đi vào tòa nhà , Sera lúc này mới nhìn nhận mình là miyano chị của Ai. Sera và 2 người hôn nhau. Lúc này Vermouth bị mẹ con Kudo bắt trói lại. Conan và bà Kudo gặp lại ông Kudo và đoàn tụ. Nói ra bí mật về KID , cũng là 1 nạn nhân của tổ chức.
Haibara tìm được đến nơi ông trùm , ông ta và đồng bọn đang bắt giữ bọn nhóc. Haibara ra tính hiệu với bọn nhóc. Ran Mori lên thang máy đến tầng thượng và thấy huy hiệu khác của bọn nhóc.Ran liền nói chuyện và thông tin được với Haibara. Haibara và Ran gặp nhau , 2 người bàn tính kế hoạch cứu bọn nhóc. Conan biết chuyện Haibara đi cứu bọn nhóc do Vermouth nói.
Nhóm Conan đi tìm Haibara. Nhóm bên ngoài vẫn đang trong tình trạng hỗn loạn , phải sơ tán dân chúng. Cảnh sát Tokyo ra lệnh bắn khách sạn của bọn tổ chức. Ông trùm biết bọn cảnh sát không màng đến con tin nữa nên cùng đồng bỏ chạy lẹn tầng thượng. Ran và Haibara vào cứu bọn nhóc. Cả nhóm chạy xuống.Gặp được nhóm của Conan.
Haibara gặp lại Vermouth và hỏi thăm tin tức của cha mẹ mình.
Bà ta cho Haibara biết là họ đã chết. Trong lúc không để ý vì hục hững , vermouth bắt Haibara lại và uy hiếp mọi người.Bà ta chạy lên tầng thượng. Conan chạy theo. KID cũng đi theo giúp đỡ. Nhóm còn lại cố chạy thoát ra ngoài. Ra đến ngoài Ran bí mật đi vào trở lại. Ông trùm dự tính chuyện này sẽ xảy ra nên đã từ lâu cài sẵn quả bom hẹn giờ.Ông ta đã kích hoạt nó.
Conan lên đến tầng thượng yêu cầu thả Haibara… Vermouth liền bắn Haibara 1 phát. Vermouth biết ông trùm đã kích hoạt trái bom nên tự tay trả thù luôn Haibara. Vermouth cho Haibara uống viên thuốc và cô đã lớn trở lại. Ran chứng kiến tất cả và hoàn toàn tin chắc rằng Conan chính là Shinichi. 1 tên trong tổ chức dùng súng bắn Conan thì Ran chạy ra đỡ đạn. KID lúc này dùng Ảo Thuật khói mịt mù cả tòa thượng và cứu cả 3 người họ.
Lúc này quả bom sắp nổ.KID dùng cánh trắng bay ra khỏi tòa nhà cao tầng. Một vụ nổ kinh hoàng đã xóa bỏ đi tổ chức áo đen và danh tính ông trùm không ai biết tới và quan tâm nữa. Mọi chuyên đã trở lại nơi bắt đầu. Các mối tình trong truyện đều trở nên ổn thỏa.
Conan được chính thức trở thành Shinichi.
Haibara teo nhỏ lại và đang ở bệnh viện , nhận lại chị và anh rể của mình. Haibara cho rằng cô chưa từng được làm một đứa trẻ cho đến khi được gia nhập đội thám tử nhí 1B , cô quyết định làm lại một con người như biết bao người.Bắt đầu từ một đứa trẻ con ngây thơ , không có phiền muộn hay nỗi đau , lo lắng hay sợ hãi. Ai Haibara quyết định ở lại đội thám tử nhí và dẫn dắt đội. ĐỘi Thám tử nhí hơi sốc khi biết conan là Shinichi.
Ayumi hơi tiếc vì mất đi người mà mình thích là Conan. Shinichi lúc này đi qua phòng Ran , và tỏ tình .Ran hơi giận nhưng vẫn yêu Shinichi. Shinichi và Ran trở lại bình thường là một cặp.
Hành trình một thám tử lại bắt đầu.
Kaito
">
